RC: «... uno de los problemas que veo es que en cada checkbox tendría que ir el código y son 10 meses de febrero a noviembre, y en ambos eventos. En febrero el código del click y el código del change en marzo lo propio y creo que habría mucho código...»

ASV: Sí, eso es innecesariamente repetitivo, pero fíjate en el código que te compartí: el código de acción está sólo una vez (Private Sub pagos)  y los eventos Change de las casillas (son necesarios) solo contienen su llamada a la subrutina pagos.

En  tu caso tendrás que adaptar a:

Option Explicit  ' es importante; estas declaraciones con alcance general.

Dim totP#, mensual#, cnt As Object 'totalPagado, cuota y (cada)control.

Private Sub ChkFebrero_Change()

  pagos

End Sub

. . .

Private Sub ChkNoviembre_Change()

  pagos

End Sub

Private Sub pagos()

  totP = 0

  For Each cnt In Me.Controls

    If Left(cnt.Name, 3) = "Chk" Then

      If cnt.Value Then totP = totP + 1

    End If

  Next cnt

'En vez de poner totalPagado en la etiqueta, lo pondrás en C.Pagadas.

  UserForm1.Label1.Caption = "Total pagos: " & Abs(totP)

End Sub

NOTA: Es muy importante que otros controles (que no sean casillas de verificación) del formulario, su nombre NO sea «Chk???» y que el formulario no contenga más casillas que las de los meses (con esto parece que no hay problemas).

Hola de nuevo.

(1) ► ASV.- En el evento Click de Noviembre (supongo cualquier mes) el bucle no es necesario, para que fila apunte a la primer fila libre, lo puedes hacer con...

    fila = Cells(Rows.Count, 39).End(xlUp).Offset(1).Row

... , de todos modos es preferible llamar a una subrutina común para cualquier mes, o mejor aún, como indico en el siguiente punto.

(2) RC.- «... el usuario del sistema se apresuró e hizo check en septiembre y el estudiante le dijo no, solo pagaré hasta agosto, entonces como ya está check debo quitar el check para que se quite la fila que se agrego...»

► ASV.- Creo que la solución no debería estar ligada a añadir fila al activar la casilla y eliminar fila al desactivar la casilla, sino que al activar/desactivar la casilla solo cambie C. Pagadas y C. a pagar, en el formulario y NO en la hoja. Luego cuando los datos sean firmes y pulses Guardar sea cuando se agreguen los datos a la hoja y se limpia el formulario en espera de otro alumno.

(3) Si (por la causa que sea) prefieres guardar con el click, deberías hacer como en mi ejemplo pagos (llamada en el evento a subrutina común), te ahorrarías mucho código. Peeero... el evento Click NO se dispara cuando desactivas la casilla , el evento change se dispara en ambos casos. 

Opciones te ofrezco, ¡Tú decides!

var checkboxes = document.getElementById("form1").checkbox;

var cont = 0; 

for (var x=0; x < checkboxes.length; x++) {
 if (checkboxes[x].checked) {
  cont = cont + 1;
 }
}