Contar los CheckBox que doy Check

Hola de nuevo.

(1) ► ASV.- En el evento Click de Noviembre (supongo cualquier mes) el bucle no es necesario, para que fila apunte a la primer fila libre, lo puedes hacer con...

    fila = Cells(Rows.Count, 39).End(xlUp).Offset(1).Row

... , de todos modos es preferible llamar a una subrutina común para cualquier mes, o mejor aún, como indico en el siguiente punto.

(2) RC.- «... el usuario del sistema se apresuró e hizo check en septiembre y el estudiante le dijo no, solo pagaré hasta agosto, entonces como ya está check debo quitar el check para que se quite la fila que se agrego...»

► ASV.- Creo que la solución no debería estar ligada a añadir fila al activar la casilla y eliminar fila al desactivar la casilla, sino que al activar/desactivar la casilla solo cambie C. Pagadas y C. a pagar, en el formulario y NO en la hoja. Luego cuando los datos sean firmes y pulses Guardar sea cuando se agreguen los datos a la hoja y se limpia el formulario en espera de otro alumno.

(3) Si (por la causa que sea) prefieres guardar con el click, deberías hacer como en mi ejemplo pagos (llamada en el evento a subrutina común), te ahorrarías mucho código. Peeero... el evento Click NO se dispara cuando desactivas la casilla , el evento change se dispara en ambos casos. 

Opciones te ofrezco, ¡Tú decides!

var checkboxes = document.getElementById("form1").checkbox;

var cont = 0; 

for (var x=0; x < checkboxes.length; x++) {
 if (checkboxes[x].checked) {
  cont = cont + 1;
 }
}